本事業では「沖縄美ら海まぐろ」のブランド化を推進し、マグロ産地としての認知度向上のための各種ＰＲ活動を実施することにより、県内での消費拡大及び県外消費者の認知度向上による県外での需要拡大を図り、マグロ資源の有効活用と魚価向上、並びに関連産業の振興を実現する。

沖縄県でのクルマエビ養殖は本土より10年程遅れて昭和46年頃より始まりました。
当初は高水時期における養殖技術が未熟で、しかも沖縄県周辺海域に天然のクルマエビが生息しないことから沖縄でのクルマエビ養殖は困難との専門家の指摘もありました。
しかし配合飼料の開発や沖縄独自の生産技術の確立など、幾多の困難を乗り越えて現在では全国一の生産高を誇るまでに至ってます。

機構は、海と渚の環境美化、水産資源の保護その他の海洋・海岸環境の保全整備を推進し、｢青く豊かな海・美しい浜辺｣の保全、保存、整備、活用を図るとともに、船舶、工場等からの流出油による漁場油濁の拡大防止と漁場清掃の推進及び原因者が不明の漁業被害の救済を行うことにより、被害漁業者の迅速な救済と漁場の保全を図り、もって国民の福祉の増進及び漁業経営の安定に資し、併せて水産業の振興に寄与することを目的としています。