馬公港為屬天然灣澳,緊臨馬公市,港口朝西,兩側均有自然屏障,港域遮蔽良好,風浪不易直接侵入,港內水域平靜,入口處水深在-10至-12公尺之間,商港區操船水域水深約為-6至-10公尺,漁港水深約為-3.5至-6公尺。光復初期,馬公僅有第一漁港部分,但也在第二次大戰中遭損毀,並於1959年起分三年興建馬公第二漁港。
馬公漁港因位於澎湖本島之內彎,水域穩靜,又為澎湖縣人口集中地區,因此全縣漁船多在此卸魚、拍賣、補給日用品等,由於第一及第二漁港泊地面積共僅約6.0公頃,颱風期間漁船爭先駛入避風,港內擁擠不堪,政府為保障漁民生命財產安全,紓緩馬公第一、第二漁港之擠,促進澎湖縣漁業發展,遂積極規劃籌建馬公第三漁港。
馬公第三漁港規劃於1980年完成,港址在馬公半島之北灣,緊鄰馬公第二漁港北堤,面積廣闊,交通便捷,計畫闢建泊地面積約30公頃,容納100噸級以下漁船2,000艘為目標。經列入「第一期台灣地區漁港建設方案」,自1981至1987年度共七期,開闢泊地面積29.3公頃,碼頭2,778公尺,填築新生地34公頃及港區給水、電力管線、碼頭環圍道路、魚市場等公共設施,投資經費新台幣4.43億元,嗣後為容納澎湖地區現有遠洋漁船及增進港池穩靜度遂在「第二期台灣地區漁港建設方案」中,編列經費3.6億元,自1988年至1993年度,分五年增建深水碼頭223公尺,深水泊地面積4.6公頃,突堤碼頭一座及附屬工程,總計馬公第三漁港共經十二期工程,投資經費8.03億元,浚挖泊地面積33.9公頃,興建碼頭設施3.600公尺(水深-3.5至-6.0公尺),魚貨拍賣場及辦公室1,310坪,及港區道路、給水、照明等設施。
馬公漁港港區包括第一漁港、第二漁港及第三漁港,由於興建的時空環境不盡相同,因此所展現的漁港風貌亦不相同,由於第一漁港及第二漁港屬早期興建之漁港,當初為發展漁業,故其陸上設施多配合傳統漁業的需要設置,惟因其碼頭後側腹地極為狹窄,發展受限制;第三漁港完成後,由於具有遼闊的水域及寬廣的陸上腹地,對於澎湖縣漁業的發展具有正面的助益。
政府並已完成漁港周邊都市計畫及漁港的漁港計畫,作為漁港及其周邊土地建設的依據。惟近年來一方面由於整體漁業環境的改變,一方面政府積極發展澎湖縣海洋觀光休憩事業,使得港區土地部分未如期設置漁港相關設施,已往改設交通船及遊樂船候船,旅客服務中心,直銷魚市等有關觀光休閒設施。