赤崁漁港屬第三類漁港,位於白沙鄉北方海岸,港口朝東,海域多屬珊瑚礁,港口航道位處淺灘區,航道長且淺,需定期浚渫,維護不易。因本港為鳥嶼、員貝、吉貝三離島對本島出入之中心港口,在漁業及離島交通上均佔重要地位。於民國 40 年由縣府補助修建砌石防波堤 227 公尺,碼頭 278 公尺, 護岸 125 公尺,圍築內港水域約 3 公頃。57 年由高雄港務局補助,修建交通碼頭一座。
本港雖有廣闊水域,惟多未浚挖,漁船需候潮始能進出,亟需改善,第一期漁港建設方案于 71 ~ 74 及 76 年度辦理港口改善及延建北防波堤兼碼頭 45 公尺,增建碼頭 101 公尺, 浚挖泊地及航道並修建曳船道等工程。「第二期台灣地區漁港建設方案」中於 81 年度,利用經費 2,700 萬元進行港區改善工程, 主要係以停泊區環境改善為主,並增建曳船道供漁船筏起卸,提供漁業及離島交通使用; 85 年度動用省長計畫經費再進行突堤碼頭增建等工程。
赤崁漁港為白沙鄉之中心漁港,除供漁船使用外,亦提供北海遊憩船舶停泊,並有澎湖本島與北海離島之交通碼頭,船筏經常至本港靠泊避風或整補,由於聯外航道甚長且位於淺灘區,需定期浚渫;本港在漁業及離島交通上均佔重要地位,應加強整建。目前本港正進行港口改善計畫,本港於「第三期台灣地區漁港建設方案」中計畫修建東防波堤 200 公尺、 突堤碼頭 120 公尺、 改建碼頭341 公尺。
赤崁漁港漁業活動能力強,且就其所處之位置,北海離島客貨交通、海上旅遊皆以其為出入轉運港。澎湖縣觀光發展整體規劃中,本港為北海旅遊系統中心,在觀光遊憩發展上將多所作為,使本港朝漁業、交通、觀光多元化之漁港發展。主要漁撈方式有延繩釣、焚寄網、流刺網及一支釣等;陸上漁業設施有魚市場、加油、製冰、冷凍、修造船廠、漁具整備場等。