民國四十四年依照「台灣省各級漁會改進辦法」,改為「小港區漁會」,隸屬高雄縣政府督導。民國六十八年七月一日,高雄市改制院轄市,小港劃入高雄市轄區,小港區漁會改由高雄市政府主管監督。民國九十三年,因配合政府計畫紅毛港遷村,本會遷移至臨海新村漁港繼續服務漁民至今。