本會成立於民國四十二年秋,前為「金門縣漁會」,於七十八年加入台灣省漁會,為符合漁會法規定,於八十一年七月一日更名為「金門區漁會」,依據漁會法賦予之任務,稟承政府輔導漁業政策,以保障漁民權益,增進漁民生產收益與生活改善,促進漁業現代化為宗旨。