在室內循環水養殖系統中,水質是最重要的關鍵,它關係魚類的健康、生長,因此控制及維持好的水質是養殖業的一大問題。 在養殖的過程中,魚的排泄物分泌物腐化、殘餌……等等→產生氨、氮……等→亞硝酸菌分解這些有機化合物→亞硝酸菌把氨轉換成亞硝酸鹽→硝酸菌氧化作用→硝酸菌把亞硝酸鹽轉換成硝酸鹽→硝酸鹽能夠作為植物、細菌、藻類等的食物。在水產養殖中,硝酸鹽是有害物質最好能維持在5PPM以下,一般降低硝酸鹽濃度可採厭氧型微生物加以分解或植物吸收,再者便是換水。