本校原為省立高雄水產職業學校東港分部,創設於民國五○年八月;於五十七年八月奉准獨立設校,校名為「台灣省立東港高級水產職業學校」。至六十九年八月因增海事類科有成,奉令改名為「台灣省立東港高級海事水產職業學校」;民國八十九年二月一日,奉令改制「國立」。