北京市水產科學研究所成立於1958年,2004年經國家科技部批准建立了“國家淡水漁業工程技術研究中心”,隸屬於北京市農林科學院,為市屬社會公益性的科研事業單位。水產所本部位於丰台區角門路18號,另有小湯山良種開發中心、延慶玉渡山冷水魚基地、房山十渡魚類繁育基地、良鄉生物漁藥研發中心、河北灤平水產試驗基地共五個試驗基地,佔地總面積21公頃。
水產所定位於立足北京,面向全國,瞄準世界漁業科技發展前沿,針對北京乃至全國水產業發展中關鍵技術問題,從事水產應用技術研究和推廣。主要致力於水產生物技術、水產動物育種、增養殖技術、水產動物營養與病害防治、漁業信息、漁業生態與環保、水產品加工及質量安全等技術領域的研究工作,服務於北京及全國漁業生產,為農民提供漁業科技服務。