1.統一訂定良好農業規範：為符合消費者需求，使生產者、供應鏈業者與驗證機構有所依循，漁業署配合農委會訂定漁產品TGAP，其內涵包括：「生產及出貨作業流程圖」、「生產及出貨風險管理內容一覽表」、「生產及出貨作業查核表」、「養殖作業曆」、「病害防治曆」及「生產履歷作業簿」等項，提供驗證機構與養殖業者作為現場操作之參考。
2.建立養殖用藥標準規範：為維護消費者安全及避免生產者不當使用養殖物疾病防治用藥，在養殖過程中可能需要用藥之漁產品，漁業署協同防檢局、水試所及藥毒所等單位訂定「養殖用藥標準作業書」，建議養殖用藥適當之使用方式、劑量、停藥期等，若有用藥時生產者必須填寫「養殖疾病防治用藥管理紀錄」附「養殖場檢驗報告」及經過驗證單位之檢測等相關事項，以上並均於TGAP中予以具體規範。漁業署目前已完成臺灣鯛（吳郭魚）、海鱺、鰻、石斑、鱸、虱目、文蛤、牡蠣、蜆及白蝦等10品項之漁產品TGAP；2007年底前將再新增烏魚、黃臘鰺、香魚及淡水長臂大蝦等4品項，未來並預定逐年增加其他水產品項TGAP之訂定及公告。
3. 建立核心藥物或污染檢驗機制：依生產地之殘留或污染風險之高低，其屬於短效藥且生產者確依「養殖用藥標準作業書」規範之停藥期停止用藥，不致影響消費者食品安全者，可無須檢驗或以抽驗方式實施藥物殘留檢驗；若屬長效藥物會影響消費者食魚安全，及國際共同關心的重金屬、化學污染如：鉛、鎘、汞、戴奧辛、多氯聯苯等，則列為必須檢驗者；其中屬生產者或通路業者使用之藥物，檢驗費用由生產者自行負擔；屬於環境污染部分，則由政府予以協助監測及提供必要之資料。
（三）追溯條碼與資訊系統建置部分
1.追溯條碼與國際接軌
（1）建立條碼識別系統：為使農漁產品履歷資訊的向下追蹤與向上追溯，透由被紀錄過的條碼（Bar Codes）識別並整合物流與資訊流，以達到正確追蹤產品在整個產銷供應鏈中的狀況。
（2）條碼系統與國際標準一致：為使我國農產品標準分類編碼與國際接軌，導入美、加、日等國使用之標準碼委員會（Uniform Code Council ,UCC）與歐盟國家通用之歐洲商品條碼（European Article Numbering ,EAN）合一之EAN / UCC 系統的條碼。
（3）追溯條碼整合：目前係由台灣地區的商品條碼專責機構財團法人商品條碼策進會（GS1 Taiwan）所建置的「臺灣農漁產品標準分類碼管理系統」，進行分類碼之登錄作業。為統合供應鏈資訊，漁業署整合GS1的交易品項識別號碼GTIN（Global Trade Item Number）、GLN位址識別號碼（Global Location Number）及EAN-128條碼，建置漁產品追溯條碼(商品條碼)。利用追溯條碼，將商品的號碼數字，改以平行線條的符號代替，以便裝有掃描閱讀器的機器閱讀，以發揮追蹤管理的效益。
2.建置追溯資訊系統
（1）協助業界建立資訊系統：為解決消費者資訊不對稱、產銷失衡、減輕供應鏈相關業者之投資壓力，政府於制度建立初期，協助生產團體、零售業者建置資訊系統及人員使用系統相關教育訓練。
（2）推動「臺灣農漁畜產品安全追溯資訊網」：漁業署目前已積極推動建置「水產品產銷履歷資訊系統」並與農漁畜產品安全追溯資訊網（http://taft.coa.gov.tw，簡稱TAFT）介接，以作為提供全國履歷農漁產品單一窗口，達生產資訊透明、可追溯之目的。其核心工作，係建立TAFT資料庫及分設農、漁、禽、畜等四項履歷主機，由各生產或運銷單位上傳詳細履歷資料內容，分別儲存於各領域之主機中，各領域之主機再自動於出貨時，將已通過產銷履歷驗證通過之產品摘要資訊傳送至TAFT資料庫，由出貨點列印出追溯條碼，提供消費者查詢產銷履歷，落實履歷資訊與追溯條碼的管理。
(四）輔導漁產品產銷履歷驗證機構
漁業署針對前3家通過認證之驗證機構訂有獎勵措施，補助其認證及相關費用，鼓勵潛在之驗證機構努力通過認證並積極辦理供應鏈業者之驗證工作，為協助相關工作順利推動，漁業署及相關產業團體亦扮演媒合角色。截至2007年1月底已有三家驗證機構申請漁產品認證，預計6月底前將有漁產品驗證機構通過認證，開始辦理驗證工作。
(五)輔導生產者及加工業者通過驗證
配合驗證機構之認證通過時程，2007年漁業署編列預算補助各生產團體，包括：各養殖協會、產銷班、生產合作社等單位，全力做好宣導教育，輔導生產者及加工業者通過驗證。預定自8月份起每月供應10公噸以上，經初級包裝之養殖漁產品予超市及量販店，使國人可以買到有驗證標章及產銷履歷追溯條碼的優質漁產品。